Acho até que eu poderia reformular essa pergunta para: qual a melhor (ou menos pior) universidade de medicina de Santa Cruz de la Sierra na Bolívia? Afina, trato apenas de Santa Cruz e evito falar de outras cidades deste país, pois as conheço bem pouco para falar com alguma propriedade; até porque, a maioria dos que vêm para a Bolívia escolhem esta cidade.
Começando a responder, eu diria que a melhor universidade é a pública; a Gabriel René cujo o acesso é através de prova e outros processos seletivos e praticamente não têm brasileiros. Depois da universidade pública, vêm as particulares. São cinco: UDABOL, UCEBOL, UNE, UNIFRANZ e Católica (Leia mais sobre as universidades de Santa Cruz aqui). Qual delas é a melhor?
Bom, em minha opinião, nenhuma delas é realmente boa. Acho que todas têm graves deficiências, principalmente no ensino prático e na organização, pois são muito desorganizadas, e o ápice desta deficiência é a falta de hospital escola em todas elas.
Existem duas linhas para esta questão.
A primeira é que a melhor universidade particular da cidade é a que você estuda. Na UDABOL, por exemplo, existem alunos fervorosos que afirmam que sua universidade é a TOP e melhor do que boa parte das universidades brasileiras. Na UCEBOL, depois da acreditação no MERCOSUL (que, na prática, não diz nada, mas é algo importante a se considerar), seus alunos agora se regozijam se (auto)afirmando que esta é a melhor de todas. Os alunos da Católica, por pagarem mais, serem mais seletivos e por exigirem notas melhores e terem auto índice de reprovação, creem que esta é a melhor e mais exigente (e acho que é a mais exigente mesmo). Na UNE, alguns que acreditam que ela é a melhor, se referem mais a quantidade mais reduzida de alunos, não que tenha pouco aluno, tem muitos, mas tem menos do que em outras. Lembro de um cara que estudava na UDABOL e criticava muito a UNE; um dia o vi passando na UNE depois de ter se transferido... e isso acontece muito. Agora ele acha a UNE a melhor.

A segunda linha de pensamento é a oposta; são aqueles alunos que acham que o gramado do vizinho é mais verde. Não curtem onde estudam e exaltam outras universidades.
A verdade bem verdadeira é que, no final, são todas exatamente a mesma coisa. Uma pode ser melhorzinha na organização, outra, nas práticas, outras nos preços. A docência é praticamente a mesma; o mesmo professor leciona em várias universidades diferentes; os laboratórios não se diferem muito. Biblioteca? Todas têm. Carga horária? Todas possuem exageradamente alta (na prática é a metade), suficiente para não ter problema de revalidar na volta ao Brasil.
Resumindo.
Qual a melhor? Nenhuma é melhor, a pergunta devi ser “qual a menos pior”.

Qual você recomenda, para qual eu vou? Recomendo que vá até a universidade, conheça e veja com seus próprios olhos e decida por si só; não recomendo decidir antes de chegar na Bolívia. E lembre-se. É tudo a mesma coisa.
Confira, abaixo, rankings das universidades bolivianas.
International Colleges &Universities (em inglês)
Ranking Web de Universidades (em espanhol)
Lembrando que esses rankings não tratam exatamente de qualidade, mas de acesso, publicações, marketing (nisso a UDABOL é a primeira do país) e outros critérios quantitativos (e não qualitativos).